Pío era un enemigo declarado del nepotismo

Aunque es cierto que fue nombrado cardenal por un sobrino, no se le permitió tener ninguna influencia, y el resto de la familia se mantuvo a distancia. Por la constitución Admonet Nos (29 de marzo de 1567), prohibió la reinversión de los feudos, es decir, los bienes raíces que se mantenían bajo tenencia feudal con la intención de volver a la Santa Sede, y obligó a los cardenales por juramento a observarla. En marzo de 1569 Pío ordenó la expulsión de los judíos de los Estados de la Iglesia, aunque por razones comerciales se les permitió permanecer en condiciones humillantes en Roma y Ancona. En febrero de 1571, los Humiliati, una orden monástica corrupta de Milán, fueron suprimidos a causa de un atentado contra la vida del arzobispo, el cardenal Borromeo.

Pío era un enemigo declarado del nepotismo

Las reglas que gobernaban la Inquisición fueron agudizadas; las viejas acusaciones, suspendidas durante mucho tiempo, fueron revividas; el rango no ofrecía ninguna protección, sino que exponía a su poseedor a un ataque más feroz. Ninguno fue perseguido más implacablemente que los intelectuales, entre los cuales muchas de las doctrinas protestantes habían encontrado aceptación. Los príncipes y los estados retiraron su protección de los herejes y cortejaron el favor de la Santa Sede entregando a los delincuentes distinguidos.

Felipe II de España

Felipe II de España en 1566 entregó a Bartolomé de Carranza, el teólogo español y ex confesor de la Reina María de Inglaterra, y Cosme de Medici en 1567 entregó a Pietro Carnesecchi, el hereje florentino que había sido sospechado incluso durante el papado de Pablo IV (recibiendo dos años más tarde como recompensa el título de Gran Duque de Toscana). En marzo de 1571 se estableció la Congregación especial del Índice, una lista de libros condenados como peligros para la fe y la moral, distinta de la Inquisición, y cientos de impresores huyeron a Suiza y Alemania. Pío lamentaba haber sido a veces demasiado indulgente. Animó a Felipe II de España a utilizar la tiranía más despiadada para preservar a sus súbditos holandeses en la fe católica y envió tropas a Francia para ayudar a Catalina de Médicis a reprimir a los hugonotes; protestó contra la tolerancia mostrada por el emperador romano Rodolfo II.